Peppol BIS Billing 3 anger två möjliga sätt att hantera bilagor (med noll, en eller flera bilagor per faktura):
Bilaga som placeras inbäddad inne i e-fakturan (dvs e-faktura med bilaga hanteras som en enda fil). De filtyper som tillåts för bilagan är pdf, png, text/csv och ett par cellstrukturerade format. Inget behov av avtal i detta fall.
Extern bilaga som hänvisas till genom länk i e-fakturan. Det finns inget beskrivet om bilagans lagringsformat eller förutsättningar för åtkomst – rimligen kan denna del av processen behöva avtalas mellan parterna. Den europeiska standarden nämner att detta alternativ kan passa vid mycket stora bilagefiler eller om bilagor innehåller känslig information.